中心本部隸屬於臺北市政府衛生局,為本府二級機關,置主任及秘書,下設兩組、會計室及人事機構,組織架構圖如下
中心本部包含主任、秘書,各單位職掌如下:
一、個案管理組:掌理家戶健康管理、弱勢族群服務、優生保健、中老年防治、衛生教育宣導及個案管理等事項。
二、健康促進組:掌理學校衛生、婦幼衛生、癌症防治、生命統計、社區健康營造、急救技能訓練、衛生教育宣導及研考、文書管理、庶務、出納等事項。
三、會計室:秉承上級主計機關之監督及指導,依法辦理歲計、會計、統計等事項。
四、人事機構:秉承上級人事機關之監督及指導,依法辦理人事管理查核等事項。